Auf dem Gügel wurde erstmals 1274 eine Burg Gügel mit einer Kapelle zu Ehren des Heiligen Pankratius urkundlich erwähnt. Zu den Vorgängerbauten gehörte eine Burganlage, die auf die Zeit der Andechs-Meranier zurückging und die abgegangen ist. Der Bamberger Fürstbischof Lamprecht von Brunn erwarb den Berg im Jahr 1390 von den Grafen von Truhendingen. Während die Burg verfiel, wurde die Kapelle mehrmals wieder hergestellt. 1430 wurde sie von den Hussiten zerstört. Der Bamberger Fürstbischof Anton von Rotenhan ließ weiter nördlich eine größere Kapelle bauen. Ein zweites Mal wurde sie im Bauernkrieg 1525 zerstört.
Nach den Beschlüssen des Konzils von Trient sah man zur Durchsetzung der Gegenreformation die Instandsetzung sakraler Architektur als erforderlich an. 1610 veranlasste deshalb der Bamberger Fürstbischof Johann Gottfried I. von Aschhausen einen Neubau der Kirche, in den vermutlich die alten Fundamente einbezogen wurden. Mit der Durchführung des Bauvorhabens beauftragte er die Graubündner Baumeister Lazaro Agostino und Giovanni Bonalino.
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