Wer die Burg ursprünglich erbaut hat, ist nicht bekannt. Im Jahr 1172 wurde zum ersten Mal der Name der Burg mit Eberhard de Grifenstein aus dem Geschlecht der Schlüsselberger erwähnt. Bis zu ihrem Aussterben im Jahre 1347 besaßen die Schlüsselberger die Burg. Mit dem Aussterben ihrer Nachfolger, der Herren von Streitberg im Jahre 1690 fiel das Lehen an den Lehnsherrn, das Hochstift Bamberg, zurück. Am Anfang des 16. Jahrhunderts wurde die Burg im Bauernkrieg zerstört und danach wieder aufgebaut. Beim Rückfall an das Hochstift Bamberg war sie baufällig. Fürstbischof Marquard Sebastian Schenk von Stauffenberg ließ Greifenstein in den Jahren 1691–1693 restaurieren und unter der Leitung von Leonhard Dientzenhofer in ein Barockschloss verwandeln.
Im Jahr 1691 erhielt der Bamberger Fürstbischof Marquard Sebastian Schenk von Stauffenberg die Burg Greifenstein für seine Verdienste um das Bistum Bamberg als Lehen mit dem Recht der Übertragung auf Blutsverwandte. Mit dem Ende des Hochstifts Bamberg ging Greifenstein in das Eigentum der Familie Stauffenberg über, deren fränkischer Zweig das Schloss heute noch bewohnt.
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